Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC004461.2-201ENST00000629517 803 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 BCAR1-202ENST00000393420 2667 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PPP1R15A-201ENST00000200453 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DMPK-202ENST00000343373 3227 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 DGKZ-205ENST00000456247 3482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NEDD4-202ENST00000435532 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SHMT2P34897 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms