Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIG1P18858 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC005523.1-201ENST00000598782 418 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MYRIP-202ENST00000396217 4877 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ZNF557-201ENST00000252840 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PARP10-201ENST00000313028 3497 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ANKHD1-EIF4EBP3-203ENST00000532219 8246 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 FAM160A2-203ENST00000524416 3327 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TRIM29-210ENST00000528870 2217 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC007686.3-201ENST00000619017 3487 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIG1P18858 CCNL1-202ENST00000295926 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 KIAA1191-201ENST00000298569 2991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 VWA7-201ENST00000375688 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 XK-201ENST00000378616 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC020978.5-201ENST00000564147 533 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 LSM12-202ENST00000585388 942 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIG1P18858 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.2 ms