Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AC148477.9-201ENST00000623974 539 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AC132872.2-201ENST00000581303 2368 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 FAM168A-204ENST00000450446 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 POLR2H-203ENST00000430783 1159 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AC079112.1-201ENST00000454972 939 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 RPL18AP3-201ENST00000462885 528 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AC010531.4-203ENST00000561709 660 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 E2F3P2-201ENST00000447755 1422 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 RASGRP2-206ENST00000377494 2983 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 UBE3B-206ENST00000536398 1120 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 SLC27A5-204ENST00000594786 643 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 C15orf59-AS1-202ENST00000615095 1224 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 AL606763.1-201ENST00000629535 462 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 NAA35-201ENST00000361671 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 SYTL2-215ENST00000527523 3049 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CHD9Q3L8U1 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 SNHG17-208ENST00000456953 546 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 ANXA5-210ENST00000515017 1190 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC138230.1-201ENST00000525893 664 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC025154.2-201ENST00000550530 445 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 MIR5196-201ENST00000578146 115 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AL157813.1-201ENST00000612996 587 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AL157792.1-201ENST00000488281 530 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC018755.3-203ENST00000597710 411 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 TNNT2-202ENST00000360372 969 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 TNNT2-204ENST00000367317 1050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 TNNT2-209ENST00000421663 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AL591242.1-203ENST00000434329 374 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC010234.1-201ENST00000494599 870 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 AC006158.1-201ENST00000610661 249 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD9Q3L8U1 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
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