Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RALYL-208ENST00000522455 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 RNF32-204ENST00000392743 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CUX1P39880 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 UBL7-201ENST00000361351 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC092800.1-201ENST00000449492 579 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 Z98259.2-201ENST00000641583 609 ntBASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC006453.1-201ENST00000636037 1257 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 PCOLCE-201ENST00000223061 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 BNIP1-201ENST00000231668 1339 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC245369.1-201ENST00000390634 434 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RPL18P13-201ENST00000478088 569 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 IGHV1OR21-1-201ENST00000622028 353 ntAPPRIS P1 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FOSB-213ENST00000615753 1468 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SLC43A2-202ENST00000412517 1658 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 HEY1-201ENST00000337919 2296 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC136475.1-202ENST00000602429 1151 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 HPSE2-205ENST00000614306 447 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 TCL1B-201ENST00000340722 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CUX1P39880 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms