Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TFAP2B-202ENST00000393655 5773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 DENR-201ENST00000280557 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 DDX42-208ENST00000578681 4337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TEX13B-201ENST00000302917 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CFLAR-203ENST00000341222 1283 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC084859.1-201ENST00000533002 670 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 Metazoa_SRP.166-201ENST00000612530 253 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AMT-202ENST00000395338 1831 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 KAT8-201ENST00000219797 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TBC1D9B-202ENST00000356834 5173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL929472.3-201ENST00000433474 700 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RFPL4A-201ENST00000434937 1035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL157373.2-201ENST00000437559 784 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LARP4-220ENST00000615080 856 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms