Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LITAF-218ENST00000576036 603 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS1-201ENST00000284984 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MLKL-201ENST00000306247 1781 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZNF197-203ENST00000383744 1989 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 METTL21A-202ENST00000406927 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 HFE2-206ENST00000634927 506 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 RGS6-210ENST00000553530 5685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AMT-224ENST00000635808 1610 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 AC126177.1-201ENST00000547829 2218 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TFAP2C-201ENST00000201031 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 EIF2B4-205ENST00000445933 1608 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
VPS54Q9P1Q0 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.4 ms