Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 KRT17P8-201ENST00000540749 863 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AL162274.1-201ENST00000617191 1098 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 MAPK7-201ENST00000299612 2715 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AKAP9-205ENST00000394564 1356 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 STT3B-201ENST00000295770 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BTN3A1-204ENST00000425234 1882 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 FAM92B-201ENST00000539556 1898 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 KRT76-201ENST00000332411 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SNAP47-AS1-201ENST00000413347 1708 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BCS1L-205ENST00000412366 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 WDR81-202ENST00000409644 6733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 NEU3-203ENST00000529024 581 ntTSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AP003680.1-201ENST00000598970 3660 ntBASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 AL136309.2-201ENST00000427049 2277 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 FES-207ENST00000444422 2266 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 CYP4B1-203ENST00000371923 2110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
NUP88Q99567 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.5 ms