Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PSME3-202ENST00000441946 2944 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 VPS16-203ENST00000380469 2318 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PITX2-204ENST00000394595 1693 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TUBA1C-201ENST00000301072 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MDP1-202ENST00000396833 582 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BCRP2-202ENST00000447763 634 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BCRP6-201ENST00000510112 632 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 BCRP7-201ENST00000511549 544 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC018653.3-202ENST00000538062 735 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
USP39Q53GS9 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC25A36-201ENST00000324194 1301 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MBP-203ENST00000359645 1255 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MORN2-204ENST00000409665 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MIR1908-201ENST00000410394 80 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 GPR182-203ENST00000622922 591 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 WASHC2C-202ENST00000359860 4471 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
USP39Q53GS9 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
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