Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MARK3-202ENST00000303622 3283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ACBD5-202ENST00000375897 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MIR4453-201ENST00000584019 89 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NEO1-202ENST00000339362 7342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DCUN1D4-203ENST00000451288 4269 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 CALML4-206ENST00000467889 987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 OR4C6-202ENST00000641251 1058 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMCH1Q9UPQ0 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56 ms