Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CR382287.1-201ENST00000623954 586 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LBX1-201ENST00000370193 2900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MGA-212ENST00000619521 1496 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NRXN1-204ENST00000401669 5870 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZC3H7B-201ENST00000352645 5909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 IKZF4-206ENST00000547791 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PGPEP1-201ENST00000252813 1409 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PPP1R26-205ENST00000605286 4744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PCDHA3-201ENST00000522353 5260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TMEM14B-204ENST00000461342 559 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC078852.2-201ENST00000504748 527 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 APH1A-203ENST00000369109 1713 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ZFYVE28-210ENST00000515169 1590 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PKDREJ-201ENST00000253255 7693 ntAPPRIS P1 BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 WBP2-204ENST00000585462 1895 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SNRK-204ENST00000454177 2961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 APOBEC3H-201ENST00000348946 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 USP40-206ENST00000443711 628 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 RAB40B-202ENST00000538809 704 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
LIMD1Q9UGP4 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms