Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SNAP91-213ENST00000521485 4521 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RNF32-202ENST00000317955 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AHSA2-208ENST00000489653 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ACTN2-206ENST00000542672 4906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 EIF4G1-212ENST00000424196 5653 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TOM1L2-209ENST00000540946 1420 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMEM86B-201ENST00000327042 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ANKMY1-207ENST00000403283 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MAU2-201ENST00000262815 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CAMSAP3-202ENST00000446248 4179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 KCNMA1-202ENST00000286628 6233 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
VPS39Q96JC1 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms