Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP3Q9Y6I4 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP3Q9Y6I4 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP3Q9Y6I4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.7 ms