Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC35.67■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC35.67■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.66■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC35.66■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC35.66■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.64■■■■□ 3.3
TCOF1Q13428 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.63■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC35.62■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC35.61■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC35.6■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC35.59■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC35.59■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC35.58■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC35.58■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.58■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC35.58■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.57■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.29
TCOF1Q13428 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.57■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.56■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC35.55■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC35.54■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC35.54■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.54■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC35.53■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.53■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC35.53■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC35.52■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC35.52■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.52■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC35.52■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC35.52■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC35.51■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC35.51■■■■□ 3.28
TCOF1Q13428 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.51■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC35.5■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC35.5■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC35.5■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC35.5■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC35.49■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.49■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC35.48■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.48■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.48■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC35.47■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC35.47■■■■□ 3.27
TCOF1Q13428 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.47■■■■□ 3.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms