Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL6A3P12111 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
COL6A3P12111 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
COL6A3P12111 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms