Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NRG1-202ENST00000356819 5931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SIN3B-201ENST00000248054 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 KIF5C-201ENST00000435030 6931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 VTN-201ENST00000226218 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RBFOX1-212ENST00000550418 4775 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ATXN7-213ENST00000538065 6842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RNF168-201ENST00000318037 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 HTR7-201ENST00000277874 3028 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD42-208ENST00000531895 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT1-203ENST00000437766 2263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF334-202ENST00000457685 3487 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PRX-201ENST00000291825 5502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PNLDC1-202ENST00000392167 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 WSCD1-208ENST00000573634 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 PELP1-208ENST00000572293 5272 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 UGT3A1-204ENST00000507113 1650 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIMCH1Q9UPQ0 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms