Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC006033.1-201ENST00000440505 426 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 IFITM3-202ENST00000526811 543 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LINC00623-205ENST00000621058 767 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ACTN2-207ENST00000546208 5103 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GLOD4-203ENST00000536578 2497 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 C1orf123-201ENST00000294360 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 HIST1H2AJ-201ENST00000333151 387 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL583835.2-202ENST00000421363 1104 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 Z98752.1-201ENST00000442482 518 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 NUS1-201ENST00000368494 4676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TPPP-201ENST00000360578 6022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 NGDN-202ENST00000408901 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
LIMD1Q9UGP4 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.5 ms