Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ARFRP1-213ENST00000619493 2456 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SULT1A2-204ENST00000533150 1991 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GRIN3A-201ENST00000361820 7770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL118508.1-201ENST00000613502 2345 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TRIM24-202ENST00000415680 3799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CSF2-201ENST00000296871 787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-214ENST00000534199 811 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HIST1H3I-201ENST00000616365 411 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP39-201ENST00000276826 4697 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DYSF-201ENST00000258104 6796 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DYSF-204ENST00000409582 6790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DYSF-210ENST00000413539 6769 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM210A-202ENST00000402563 4240 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC4-203ENST00000396707 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MGAT1-202ENST00000333055 8863 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PSMG3-AS1-201ENST00000437621 5701 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MTHFR-217ENST00000641820 1569 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SIK1-201ENST00000270162 4712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CU639417.2-201ENST00000613488 4705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 RABL2A-203ENST00000393166 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 KRT223P-202ENST00000449164 1292 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 CROCCP4-201ENST00000457096 498 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 PTPRG-AS1-205ENST00000475371 733 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 OMP-201ENST00000529803 492 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC3Q9BQI4 MIR4259-201ENST00000584466 101 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms