Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 QRICH1-202ENST00000395443 3549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ROR2-202ENST00000375715 2993 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PCBP4-205ENST00000461554 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM222-210ENST00000608611 1511 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DLX2-AS1-201ENST00000448117 950 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC091729.1-201ENST00000449721 869 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL133338.1-201ENST00000565695 1517 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LRRC57-204ENST00000563454 2407 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TBL2-205ENST00000432538 1573 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SYNE3-203ENST00000554873 2826 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RABGAP1L-201ENST00000251507 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 GADD45B-204ENST00000587345 765 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 LBHD1-201ENST00000354588 1320 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 UROC1-202ENST00000383579 2735 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SPATA20-201ENST00000006658 2719 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
CHD3Q12873 RER1-209ENST00000605895 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
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