Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CSRNP2-201ENST00000228515 4471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL662844.1-201ENST00000546340 181 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 POU5F1B-201ENST00000465342 5360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NUP98-201ENST00000324932 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 HNRNPH1-201ENST00000329433 2114 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC068580.4-201ENST00000636615 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ASL-205ENST00000395332 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 COL9A2-202ENST00000372748 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF11A-202ENST00000586569 8147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 OSGIN1-201ENST00000343939 2391 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LINC01956-202ENST00000584273 612 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ADAM15-203ENST00000356955 2949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 DFFB-203ENST00000341385 572 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MAL-203ENST00000353004 873 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SLC2A1-204ENST00000460369 541 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 TRMT112-203ENST00000535750 823 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SPINK2-205ENST00000616980 677 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 MAN1B1-202ENST00000371589 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
CCDC112Q8NEF3 SPSB2-203ENST00000519357 1496 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms