Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RSBN1-205ENST00000615321 2418 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 JADE2-202ENST00000361895 3212 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC083949.1-202ENST00000458490 552 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NUP210P1-202ENST00000504322 710 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 MAPK9-207ENST00000452135 4815 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 SLFNL1-203ENST00000372611 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 KRT8P4-201ENST00000509735 1454 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TMEM14B-210ENST00000473276 730 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ATP6V1G2-210ENST00000483251 662 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 MIR4722-201ENST00000578292 60 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LINC01668-201ENST00000635001 513 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NOX5-204ENST00000455873 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RNF222-201ENST00000344001 2786 ntAPPRIS P1 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AP007216.2-201ENST00000562094 299 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 L34079.1-201ENST00000594374 393 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AL035588.1-201ENST00000438967 408 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 APLP1-202ENST00000537454 2266 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
SCN9AQ15858 TVP23C-203ENST00000428082 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms