Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC074338.1-201ENST00000416825 156 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 MAP4-202ENST00000360240 5142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AK5-203ENST00000354567 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 NCOA1-205ENST00000406961 7289 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PHTF1-201ENST00000357783 2747 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CELF4-221ENST00000601019 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 GP5-201ENST00000401815 3534 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 RCAN3-202ENST00000374395 6802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 EPB41L4A-AS1-201ENST00000413221 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
HDAC4P56524 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.6 ms