Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AP000439.3-201ENST00000545202 2376 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ABHD11-201ENST00000222800 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 STAMBPL1-204ENST00000371927 4184 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 LINC01267-201ENST00000502417 2284 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ASAH1-240ENST00000636997 1774 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
VPS39Q96JC1 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GOLGA2P7-202ENST00000400817 2850 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PSMD5-203ENST00000373904 1538 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TCEAL2-201ENST00000329035 1080 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 AC026120.1-201ENST00000611536 926 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ZNF70-201ENST00000341976 6924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TOM1-209ENST00000447733 2317 ntTSL 2 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
VPS39Q96JC1 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.1 ms