Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PGRMC2-206ENST00000512483 1144 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC020763.1-201ENST00000567186 551 ntTSL 4 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 THOC6-201ENST00000253952 1246 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC025165.3-201ENST00000471530 679 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SUPT4H1P2-201ENST00000501248 353 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PPP1R32-205ENST00000538185 1107 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TCL1A-208ENST00000556450 872 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PRKXP1-201ENST00000561423 1122 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AP000894.2-204ENST00000577358 473 ntTSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 RN7SL774P-201ENST00000577467 290 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 FBXO33-201ENST00000298097 3853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 BCL2L13-206ENST00000399782 1381 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 MAP3K6-202ENST00000374040 4309 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SLC39A6-202ENST00000440549 1657 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TMEM205-216ENST00000593256 792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL6A1P12109 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms