Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 NT5DC3-201ENST00000392876 7207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 DDOST-206ENST00000602624 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 VCX3B-202ENST00000381032 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 FAM197Y5-201ENST00000423213 765 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AC004477.1-202ENST00000584428 539 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 OSGIN1-203ENST00000393306 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 ARHGEF28-201ENST00000296794 5246 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
NUP88Q99567 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 HSD3B7-201ENST00000262520 2200 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ZSCAN2-214ENST00000546148 2242 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ZNF671-201ENST00000317398 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 PPP1R21-206ENST00000449090 3049 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 TCTN1-202ENST00000397655 1879 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 GRHPR-212ENST00000607784 1704 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 LSMEM2-201ENST00000316436 1494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 NEUROD1-201ENST00000295108 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CHAT-203ENST00000351556 2286 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC18.5■□□□□ 0.55
NUP88Q99567 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.7 ms