Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 FZR1-201ENST00000313639 1215 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 RPS2P36-201ENST00000456516 831 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ARHGAP22-201ENST00000249601 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MIR4706-201ENST00000582134 82 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 GNAI2-207ENST00000451956 1486 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PRKCSH-205ENST00000587327 2189 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ASPH-202ENST00000379449 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 FRMD6-AS1-201ENST00000617151 2229 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 IGLC7-201ENST00000390331 441 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CDRT15-201ENST00000420162 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CDRT15-202ENST00000431716 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 CYB561A3-219ENST00000544118 1136 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 METTL6-201ENST00000383789 1413 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
SCN9AQ15858 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NUDT1-201ENST00000339737 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NUDT1-202ENST00000343985 771 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 FGFR3P5-201ENST00000564496 886 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NAT9-224ENST00000583757 583 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 OR10B1P-201ENST00000601666 907 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 EDDM13-208ENST00000637802 854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 PTGDR-201ENST00000306051 2942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 CEP72-201ENST00000264935 2434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
SCN9AQ15858 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.7 ms