Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SYNE2-228ENST00000639659 1290 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MGLL-204ENST00000434178 4941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 TLK2-203ENST00000346027 3449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 NDFIP1-201ENST00000253814 3851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SEPT7P9-202ENST00000489259 743 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 HIRIP3-204ENST00000564026 988 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 INTS11-247ENST00000540437 2629 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.7
TRIM28Q13263 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 XXYLT1-AS1-201ENST00000458531 431 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC009908.1-201ENST00000523030 412 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
TRIM28Q13263 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms