Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PABPN1L-201ENST00000411789 873 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BARD1-209ENST00000613192 703 ntTSL 1 (best) BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC13.63□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MDFIC-202ENST00000393486 4393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SGO1-203ENST00000412997 2587 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC004945.1-201ENST00000416738 983 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FXYD6-216ENST00000584230 566 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AP001033.1-201ENST00000584509 466 ntTSL 3 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ITFG1-201ENST00000320640 3400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC13.62□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
CHD3Q12873 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.61□□□□□ -0.23
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