Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 SERPINB9P1-202ENST00000545177 1375 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 NAP1L5-201ENST00000323061 2321 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FAM227B-212ENST00000561064 1596 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TNFRSF1A-202ENST00000366159 1339 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 KLK11-203ENST00000391804 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AL139241.1-201ENST00000433374 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AL390778.2-201ENST00000420883 886 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TIMMDC1-207ENST00000493694 710 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 FXYD6-208ENST00000529335 708 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TMPRSS3-202ENST00000398397 1342 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ODF3L1-201ENST00000332145 1196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 PCBP3-201ENST00000400304 1086 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 PCBP3-208ENST00000449640 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 GLUD1P3-201ENST00000507952 896 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
COL6A3P12111 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC026470.1-201ENST00000478038 846 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LTBR-209ENST00000541102 1084 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LAMTOR1-208ENST00000545249 965 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL356756.1-201ENST00000550941 551 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 DBP-202ENST00000593500 712 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AP001043.1-206ENST00000613045 730 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC004466.2-201ENST00000614749 516 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CCNG2-202ENST00000395640 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LIF-202ENST00000403987 592 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL691459.1-201ENST00000438589 407 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 STAU2-212ENST00000521419 972 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC008735.2-201ENST00000589456 549 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 NRXN1-220ENST00000611589 1857 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 WASH7P-201ENST00000488147 1351 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LAMTOR4-201ENST00000341942 605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RBM4-203ENST00000398692 921 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL359458.1-201ENST00000430821 400 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AL157392.3-204ENST00000440878 397 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 KLF3-AS1-203ENST00000504219 627 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 RBM4-207ENST00000506523 654 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 GFER-204ENST00000567719 483 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC012617.1-201ENST00000586345 797 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MIEF2-204ENST00000395706 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 EDNRB-204ENST00000626030 1571 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 EMP1-211ENST00000544053 1436 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 AC211486.1-201ENST00000275590 980 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
COL6A3P12111 ABHD17AP9-201ENST00000561925 548 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.8 ms