Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 AC004461.1-201ENST00000412461 403 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 MDH2-205ENST00000461263 648 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 AC104971.3-201ENST00000589794 335 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 FSTL3-207ENST00000605925 748 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
PTPN4P29074 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 R3HDM2P2-201ENST00000401880 2116 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CDC42-203ENST00000400259 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 LEPROTL1-203ENST00000518001 589 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC010503.2-201ENST00000599292 296 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PMP22-209ENST00000612492 1822 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 COG3-201ENST00000349995 4498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC007191.1-201ENST00000623179 2995 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CLCNKB-201ENST00000375667 2129 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 MCM3AP-AS1-203ENST00000421927 2280 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PTPN4P29074 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76.2 ms