Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 GOLGA6L2-204ENST00000567107 3030 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RALGAPA1-219ENST00000637992 8512 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
COL6A1P12109 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FAM3B-203ENST00000398647 864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FAM3B-204ENST00000398652 1125 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL136361.1-201ENST00000435429 506 ntTSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL163636.1-201ENST00000554286 915 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DMAC2-204ENST00000438807 1454 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 RPP40-201ENST00000319533 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC060234.1-201ENST00000422966 474 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 NKAIN1P1-201ENST00000435754 582 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC136428.1-201ENST00000569103 349 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 GEMIN7-204ENST00000591747 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 TBC1D20-201ENST00000354200 4466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL6A1P12109 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.7 ms