Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HSPH1-201ENST00000320027 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PTGFRN-201ENST00000393203 6178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ERP29-203ENST00000546477 1698 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AAK1-202ENST00000409068 2606 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 XRRA1-202ENST00000340360 5681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TAF1C-216ENST00000566732 2972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CHL1-202ENST00000397491 5235 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SEPT9-244ENST00000592420 2588 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 HMBS-209ENST00000537841 1559 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AL807752.7-201ENST00000471521 989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 PAPOLA-223ENST00000557320 3264 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CFAP53-201ENST00000398545 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 DCAKD-201ENST00000310604 2122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CCDC181-206ENST00000491570 1652 ntTSL 2 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC39Q9UFE4 GSPT1-202ENST00000434724 7105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms