Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TMEM140-201ENST00000275767 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AL953897.1-201ENST00000376620 1868 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 LTBP2-201ENST00000261978 8567 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PAM16-215ENST00000577031 548 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 LRCH1-202ENST00000389797 3314 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MYO15B-237ENST00000642007 4893 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 BLMH-201ENST00000261714 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SFRP4-201ENST00000436072 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 GORAB-202ENST00000367763 2189 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TBCD-202ENST00000539345 3975 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 FLI1-207ENST00000534087 3859 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SIRT6-214ENST00000601488 1361 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CD99-204ENST00000381187 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 BIRC5-207ENST00000590449 568 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PPM1F-203ENST00000407142 5587 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 WDR97-201ENST00000323662 6916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 POR-201ENST00000394893 2532 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 PPOX-201ENST00000352210 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 DMTN-206ENST00000443491 2415 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 CAMK1D-204ENST00000619168 8153 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 SIGLEC11-202ENST00000426971 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 TRIM46-209ENST00000543729 1703 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC42Q96M95 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.9 ms