Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 KCNQ2-209ENST00000625514 2925 ntTSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 NID1-201ENST00000264187 5864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 EIF2B4-206ENST00000451130 1633 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 BACE1-211ENST00000528053 4083 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CELF6-201ENST00000287202 3345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ACAT2-201ENST00000367048 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PTHLH-209ENST00000545234 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 NCAPH2-205ENST00000420993 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC020915.1-202ENST00000427361 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PIMREG-202ENST00000570337 891 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PIMREG-203ENST00000571373 1002 ntTSL 3 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC239798.4-201ENST00000609879 700 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MIR6752-201ENST00000618442 71 ntBASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 RUFY2-203ENST00000388768 4502 ntTSL 2 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ZCCHC3-201ENST00000500893 3354 ntAPPRIS P1 BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC12.32□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 HIPK3-201ENST00000303296 7408 ntTSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 SLC8B1-210ENST00000550047 2493 ntTSL 2 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 DENND1B-211ENST00000620048 8378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.44
HOXD3P31249 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.31□□□□□ -0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.9 ms