Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 RAB9A-202ENST00000464506 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AC005252.3-201ENST00000623855 2258 ntBASIC19.44■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ASAH1-223ENST00000636171 2283 ntTSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 LINC00552-201ENST00000625151 2579 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AC010327.5-201ENST00000586923 3061 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 PEX5-207ENST00000455147 2689 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 MINDY1-202ENST00000361738 1961 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AGBL3-202ENST00000435976 2495 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 C22orf34-201ENST00000343999 2816 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AL122018.1-201ENST00000446607 2310 ntBASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 C1orf43-201ENST00000350592 1610 ntTSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 CPXM2-201ENST00000241305 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 NOX5-203ENST00000448182 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 HSD17B4-222ENST00000515320 2494 ntTSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.43■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 TBC1D9B-201ENST00000355235 5119 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ADARB2-201ENST00000381305 703 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AC107896.1-201ENST00000593212 548 ntTSL 4 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 NDUFB2-AS1-201ENST00000465466 1648 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 GCLC-201ENST00000229416 3813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 KIRREL3-202ENST00000525704 2474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SESN1-202ENST00000356644 2676 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 BNIP3-201ENST00000368636 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 SPAG9-205ENST00000505279 4659 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
BRPF3Q9ULD4 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms