Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ZDHHC24-201ENST00000310442 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
LIMD1Q9UGP4 ZBTB46-201ENST00000245663 5185 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 NME4-207ENST00000450036 985 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 KC6-207ENST00000600644 2311 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 ADD1-201ENST00000264758 4045 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 NTRK1-202ENST00000368196 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 CFAP43-203ENST00000369719 1434 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AC009720.1-201ENST00000511867 586 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AL132639.3-201ENST00000556537 530 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 PDCD1-201ENST00000334409 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
LIMD1Q9UGP4 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.3 ms