Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 LINC01270-201ENST00000371639 2281 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 STK4-AS1-201ENST00000434401 2065 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 VPS26A-201ENST00000263559 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 OR52W1-201ENST00000311352 1114 ntAPPRIS P1 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AFG3L1P-209ENST00000429663 458 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MIR3687-2-201ENST00000577708 61 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MIR3687-1-201ENST00000614492 61 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TC2N-201ENST00000340892 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 WASHC2C-208ENST00000537517 4417 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 SLC35C2-202ENST00000317734 2175 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 CR559946.1-201ENST00000453835 531 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 AL022341.1-201ENST00000455294 389 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 NDUFS7-216ENST00000546283 1060 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
VPS29Q9UBQ0 PPP2CA-203ENST00000481195 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
VPS29Q9UBQ0 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms