Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PPP1R16B-201ENST00000299824 6251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FAM19A5-204ENST00000406880 833 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 RNF11-201ENST00000242719 3084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC099063.4-201ENST00000641099 1602 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
LIG1P18858 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 MYLK3-202ENST00000536476 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PPP6R1-203ENST00000587283 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AL589702.1-201ENST00000641229 1509 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 PLEKHA8P1-201ENST00000256692 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
LIG1P18858 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 KIRREL1-202ENST00000360089 3304 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 GSK3B-201ENST00000264235 7711 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 SYBU-208ENST00000440310 3072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC18.36■□□□□ 0.53
LIG1P18858 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms