Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 LINC02447-202ENST00000501888 2146 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GATA4-206ENST00000528712 2614 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GPR89B-201ENST00000314163 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 HS6ST2-201ENST00000370833 1938 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 KCNC2-207ENST00000548513 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TRAPPC11-202ENST00000357207 4435 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GBGT1-201ENST00000372036 871 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ESPNL-201ENST00000343063 4836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ATP4B-201ENST00000335288 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 HGNC:18790-203ENST00000433139 2254 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TUBB8-201ENST00000561967 1413 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CRYZL1-202ENST00000361534 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SLC43A2-204ENST00000571650 3261 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PM20D2-201ENST00000275072 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TNN-201ENST00000239462 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 RN7SL589P-201ENST00000481268 310 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
VPS4AQ9UN37 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
VPS4AQ9UN37 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC15.52■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms