Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
VPS54Q9P1Q0 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC025183.2-201ENST00000503386 428 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ACE-202ENST00000290866 4959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC100803.3-201ENST00000606664 2961 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 GRB2-202ENST00000316804 3248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TSEN2-207ENST00000454502 1909 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC01481-203ENST00000549651 883 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CACFD1-207ENST00000542192 2754 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AC087741.1-203ENST00000576824 820 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
VPS54Q9P1Q0 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.8 ms