Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 KRTAP10-3-201ENST00000391620 971 ntAPPRIS P1 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CPA1-201ENST00000011292 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ODF4-201ENST00000328248 1156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC133919.1-201ENST00000562203 416 ntTSL 3 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 PRKCD-201ENST00000330452 2680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.49■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SLCO2B1-205ENST00000525650 2121 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TMED1-201ENST00000214869 1340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SHISA5-210ENST00000444115 2081 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 RBCK1-202ENST00000356286 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TCERG1L-AS1-201ENST00000436942 472 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 IGLV3-15-201ENST00000518356 244 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CRTC3-AS1-202ENST00000559531 657 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 LINC01481-204ENST00000550216 494 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 LINC01002-214ENST00000632102 561 ntTSL 4 BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CCDC51-202ENST00000412398 1385 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 CSRNP1-201ENST00000273153 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
CHD9Q3L8U1 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
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