Protein–RNA interactions for Protein: Q99250

SCN2A, Sodium channel protein type 2 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,005 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN2AQ99250 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SCN2AQ99250 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
SCN2AQ99250 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms