Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
USP28Q96RU2 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.89
USP28Q96RU2 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC26.83■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
USP28Q96RU2 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP28Q96RU2 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms