Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CTCFP49711 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.54■■■□□ 2
CTCFP49711 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
CTCFP49711 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CTCFP49711 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CTCFP49711 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
CTCFP49711 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CTCFP49711 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CTCFP49711 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CTCFP49711 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
CTCFP49711 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CTCFP49711 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CTCFP49711 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
CTCFP49711 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CTCFP49711 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CTCFP49711 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CTCFP49711 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CTCFP49711 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CTCFP49711 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CTCFP49711 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CTCFP49711 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CTCFP49711 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CTCFP49711 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CTCFP49711 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
CTCFP49711 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC27.45■■□□□ 1.99
CTCFP49711 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CTCFP49711 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CTCFP49711 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CTCFP49711 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CTCFP49711 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CTCFP49711 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CTCFP49711 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CTCFP49711 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CTCFP49711 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CTCFP49711 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CTCFP49711 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CTCFP49711 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CTCFP49711 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CTCFP49711 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CTCFP49711 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CTCFP49711 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CTCFP49711 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CTCFP49711 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CTCFP49711 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CTCFP49711 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CTCFP49711 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CTCFP49711 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CTCFP49711 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms