Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
MSX1P28360 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
MSX1P28360 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
MSX1P28360 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
MSX1P28360 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX1P28360 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX1P28360 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX1P28360 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX1P28360 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX1P28360 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
MSX1P28360 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
MSX1P28360 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
MSX1P28360 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX1P28360 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX1P28360 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX1P28360 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX1P28360 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
MSX1P28360 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
MSX1P28360 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
MSX1P28360 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
MSX1P28360 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms