Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SGSH-203ENST00000570923 1546 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MON1B-203ENST00000545553 1814 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RAPSN-202ENST00000352508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 DOK5-202ENST00000395939 1453 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 C9orf78-201ENST00000372447 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CENPT-235ENST00000626059 1737 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RBM33-205ENST00000392759 1580 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CALY-203ENST00000368558 825 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 LAD1-201ENST00000367313 2336 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 DUSP13-205ENST00000464872 684 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 LINC02242-201ENST00000507298 641 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 DUSP13-212ENST00000605915 1015 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 OXA1L-203ENST00000412791 1440 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 EPHX2-202ENST00000517536 1600 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LHX3Q9UBR4 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms