Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC131160.1-201ENST00000639401 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 VIPR2-201ENST00000262178 3944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 C11orf49-204ENST00000395460 1916 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SNED1-202ENST00000342631 1930 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 FADS2-205ENST00000517839 469 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PLK2-215ENST00000617412 2792 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TNKS-211ENST00000520408 1964 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SIKE1-203ENST00000369528 5506 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AIFM3-202ENST00000399167 2387 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AIFM3-207ENST00000440238 2368 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 GNG2-209ENST00000555472 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 PACS1-201ENST00000320580 4392 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 LRP10-201ENST00000359591 6886 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 SPATA18-202ENST00000419395 2816 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP39Q53GS9 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms