Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 AC011477.6-201ENST00000604980 1927 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 C2orf76-202ENST00000409466 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 NFATC4-210ENST00000554050 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MECR-201ENST00000263702 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 KDM5C-204ENST00000375401 6031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MYO1D-201ENST00000318217 5563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 FUT8-213ENST00000557164 2269 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PITPNM1-201ENST00000356404 4225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TIMM50-220ENST00000607714 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SLC2A10-201ENST00000359271 4389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ASIC1-201ENST00000228468 4072 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CSHL1-204ENST00000392824 823 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 NDRG4-247ENST00000568640 1281 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SHTN1-202ENST00000355371 5361 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GTF2H1-203ENST00000453096 2707 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TRIM13-204ENST00000420995 2607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AL354813.1-201ENST00000526566 2437 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GLUL-201ENST00000311223 4719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 WDR45-202ENST00000356463 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MARK3-204ENST00000416682 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 TCF25-202ENST00000263347 2377 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 NBL1-201ENST00000289749 731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
LIM2P55344 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms