Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 GLB1L2-201ENST00000339772 3152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TAPBPL-201ENST00000266556 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TATDN3-214ENST00000532324 1381 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 CUX1-211ENST00000546411 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ANKRD33B-201ENST00000296657 9188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SKOR1-201ENST00000341418 3332 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TRIM29-221ENST00000627238 510 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC004943.2-201ENST00000563328 4842 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 KANK2-207ENST00000589894 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 HPS1-202ENST00000338546 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 DDB1-201ENST00000301764 4506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TFB2M-201ENST00000366514 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 MAPK7-202ENST00000308406 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 FXN-201ENST00000377270 2608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 CYLD-202ENST00000398568 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
PTPN4P29074 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms