Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AEBP1-206ENST00000450684 2571 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TLE2-203ENST00000443826 2238 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 GADD45B-201ENST00000215631 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 DIDO1-201ENST00000266070 8574 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 JPH4-202ENST00000397118 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CCDC127-201ENST00000296824 9342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AQP10-203ENST00000484864 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 BRSK2-204ENST00000526678 2091 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 KRT8-215ENST00000552150 1687 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PRSS55-201ENST00000328655 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 IGHV3-23-201ENST00000390609 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC027796.2-201ENST00000575326 344 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TPD52L2-204ENST00000351424 2302 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
ATG4BQ9Y4P1 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms