Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CNPY4-201ENST00000262932 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SLC6A8-201ENST00000253122 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 PPIL6-207ENST00000521072 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SLC29A1-206ENST00000371755 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 PCDH19-202ENST00000373034 9756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ZFAND6-207ENST00000558494 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 FAM86C2P-203ENST00000528684 1004 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 LZTR1-201ENST00000215739 4572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC012569.1-201ENST00000591191 1524 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 FAM49B-202ENST00000517654 1817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC15.61■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TUBB-206ENST00000330914 2632 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC002056.1-201ENST00000395613 760 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS4AQ9UN37 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms